Описание
Альма вызывает крушение вертолёта, однако Оперативник, Дуглас Холидей и Джин Сун-Квон выживают, не получая значительных повреждений. В городе царит хаос, голос из громкоговорителей просит жителей не выходить на улицу (хотя почти все жители разрушенных районов уже куда-то пропали). Первоочередной задачей становится координация сил и эвакуация из зоны поражения взрывом Саркофага. Точкой сбора и эвакуации назначена больница Оберн Мемориал (auburn — англ. «золотисто-рыжий»; цвет огня пожаров в «мире» Альмы). Силы клонов деактивизированы, однако практически на первых минутах игры возвращённый Альмой в виде призрака Феттел вновь активирует их, комментируя это словами «Я знаю, это не имеет смысла. Уже мало что имеет смысл… Ты меня убил, и мне это не понравилось»- в оригинале, а в русской версии: «Я знаю что это бред… Всё бред… Ты меня убил и мне это не понравилось» — после этих слов Феттел растворяется в воздухе. Видения Альмы начинаются ещё раньше и продолжаются до самого конца игры. Стоит отметить, что в дополнении Альма гораздо чаще предстаёт в злом «взрослом» образе, чем в оригинальной игре.
Оперативник и Холидей, преодолевая сопротивление восстановленной армии клонов, пытаются воссоединиться, однако, вскоре после того, как им это удаётся, они сперва сталкиваются с Феттелом, а потом и Холидей погибает страшной смертью от рук странных существ (они швыряли его по комнате, повсюду была его кровь) — мистических порождений Альмы, которые периодически появляются по ходу игры и доставляют немало неприятностей как протагонисту, так и репликантам, которые гибнут целыми отрядами.
После кошмарной гибели Холидея, просившего перед смертью позаботиться о Джин Сун-Квон, Оперативник продолжает путь в одиночку, направляясь в метрополитен. Идя по путям метро он замечает, что клоны перевозят что-то куда-то в больших количествах, однако, что и куда они перевозят, остаётся неизвестным. Несколько раз он находит группы спецназа, видимо, также решившие отходить к точке эвакуации через метро, но спасти никого не удаётся — Оперативник опаздывает на считанные секунды и наседающие со всех сторон клоны успевают уничтожить бойцов Дельты. Видения показывают, как к Джин подходит мрачный призрак пропавшего без вести в первой части игры оперативника F.E.A.R. Янковски и как с ней говорит Феттел, утверждающий, что он не причинит ей вреда, но не может ручаться за свою мать.
Также, в метро впервые имеет место непосредственная помощь Альмы (в детском образе) игроку — она проходит впереди него и превращает отряд клонов в груду кровавого мяса, после чего сообщает ему: «Теперь Ты в безопасности»(в оригинале), «Все в порядке. Не бойся.» (в дубляже).
Добравшись по путям метро до больницы Оберн Мемориал, Оперативник обнаруживает там полный разгром. Трупы спецназа десятками валяются в лужах крови, кровавые потоки стекают по стенам, то и дело встречаются Образы, которые, вероятно, и устроили эту резню (для их нападений свойственны фонтаны крови и поломанная мебель). Джин, единственная выжившая в больнице, периодически связывается с протагонистом по рации, с каждым разом — всё печальнее и нежнее. Она была неравнодушна к Оперативнику, как ясно из первой части игры, ещё до начала основных событий, когда они только познакомились. Надежды даже просто на встречу напоследок всё меньше и меньше, и в последний раз она говорит: «Ты не придешь, да? Я тут умру одна. Я не хочу умирать, слышишь?». Прорываясь через элитные отряды клонов и стаи кошмаров, герой наконец добирается до Джин, но его отвлекает стая призраков, преследовавших учёную. Пока протагонист занят ими, перепуганная девушка скрывается в каком-то телепорте, связывающем цепочку «параллельных миров». Оперативник снова не успевает — из-за козней Альмы он лишь слышит дикий крик и вбегает в залитую кровью комнату, где над телом Джин Сун-Квон парят, стремительно растворяясь в воздухе, три таких же существа, какие убили Холидея.
Силы клонов встречаются заметно реже, а вот видений Альмы становится н
